Filho de Luísa Augusta Perestrelo de Pestana Velosa Camacho (de família madeirense, descendente de Gonçalves Zarco) e de Avelino Cândido Pereira da Fonseca, que se dedicava ao comércio de têxteis no centro do Porto. Teve mais seis irmãos: Maria Avelina Camacho da Fonseca, Luísa Camacho da Fonseca, Rosa Branca Camacho da Fonseca e Alberto António e Júlia, que morreram no nascimento.
Humberto da Fonseca nasceu a 5 de novembro de 1877, na freguesia da Lapa, em Lisboa, e passou os primeiros anos da sua vida com os avós. Sua avó Luísa Augusta era aia da rainha D. Amélia. Há fotografias dele aprendendo a andar a cavalo com o Príncipe D. Fernando, e velejando com o Príncipe D. Luís.
Casou a 23 de junho de 1906, na cidade do Porto, com Beatriz do Rosário Ervina Cardoso, filha de mãe espanhola, natural de Alicante, e de João Cardoso Júnior, industrial.